CT和MRI图像一键配准融合

CT和MRI图像一键配准融合

济南军区总医院神经外科 王奎重 博士 3D Slicer有强大的配准融合功能，既往推出的General Registration (BRAINS)模块虽然配准精度高，但设置参数较多，过程复杂，初学者难以掌握。本文介绍另外一个配准模块Elastix，可以对CT和MRI图像一键配准。

1.下载并打开3D Slicer4.8.1软件，安装扩展模块Elastix。关闭并重新打开3D Slicer，载入CT（6 1）和MRI（Ax 3D T1BRAVO）图像数据。在前景和背景窗口中可以看到CT和MRI图像未重叠。

2.打开registration-general registration(Elastix)模块，在fixed volume栏里选择磁共振数据（Ax 3D T1BRAVO），moving volume栏内选择CT数据（6 1），设置输出volume和transform名字，其余为默认选项。点击Apply。

3.稍等片刻，即可配准成功。在窗口前景中选择磁共振数据（Ax 3D T1BRAVO），背景中选择新输出的数据volume，调节滑动条透明度，即可显示CT和MRI图像配准效果。

4.最后别忘了保存，可见新生成volume和transform两个文件将存在其默认文件夹中，时间长了容易变成垃圾文件，可以更改路径存入想要的文件夹。

5.若要进行图像融合，可以打开Add Scalar Volumes模块，输入磁共振（Ax 3D T1BRAVO）和数据volume，设置新融合的数据名字，点击Apply即可融合在一起。

图像配准和融合是两个不同的概念，配准是两张图像的空间位置改变使其重叠，但还是各自原来的图像。融合是两张图像融为一体不能分开，有关融合方法我以前有过介绍，这里不再赘述，实际应用中只需要配准功能就足够了。本文介绍了利用3D Slicer对CT和MRI图像一键配准融合，可以快速实现同一患者不同模式图像的融合，操作过程中也可以调节不同参数及选择不同的预设模板（preset）。注意：对于影像变化较大的两组图像配准时，如患者做MRI时由于线圈卡压导致脸部固定时变形，和CT配准后就会显示颅骨不能重叠，虽然面部及头皮软组织能较好重叠，但颅骨和颅内结构重叠欠佳。这时preset里最好选择刚性配准，即generic rigid (all)选项，通过刚性配准，颅骨可以较好重叠，颅内结构也能获得较好配准，但面部及头皮软组织重叠就会欠佳。笔者在实际应用中发现不同机器扫描图像通过3D Slicer打开时甚至不能在一个视野中,这可以通过粗略变换图像坐标实现；即便同一个病人扫描的MRI数据，由于扫描时间长不同序列间还是有细微的位置改变，而通过3D Slicer配准功能，可以消除这些肉眼所见到的位置改变。

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